基础医学院在温州医学院成立初由基础医学教研室组成，1984年学校正式成立基础部，2000年院系调整，组建基础学院，之后经过一系列改革，于2005年正式命名为基础医学院，实行基础医学院建制。
学院现设法医系及8个教研室；2个教学中心（机能实验中心、基础医学实验中心）和法医学专业实验室；9个研究所（低氧医学研究所、分子病毒与免疫学研究所、食源性疾病安全研究所、生物支架移植与免疫研究所、神经科学研究所、缺血/再灌注损伤研究所、虫媒病毒研究所、热带医学研究所、心脏再生研究所）。
基础医学院现有教职员工139人。专业教师及实验技术人员130人（含学院领导共5人），其中：专任教师111人（含：教授20人，副教授33人，讲师 56人，副高以上职称比例为45.04%；具有博士学位者46人（另有在读博士18人），硕士学位者46人，研究生学位比例为82.88%）；实验系列专 技人员19人（含：高级实验师5人，副高以上职称比例为26.31%；具有硕士学位者9人，研究生学位比例为47.36%），总副高以上职称比例为 42.3%，总研究生学位比例为77.69%。
学院于80年代开始招收基础医学硕士研究生，现有一级学科（基础医学）硕士点1个，二级学科硕士点9个（病理学与病理生理学、病原生物学、免疫学、人体解 剖学与组织胚胎学、生理学、核医学、法医学、放射医学、医学生物化学）；已培养全日制研究生97人，在校全日制研究生71人。学院于2002年开始招收法 医学五年制本科生，为目前浙江省内唯一设立该专业的学院。
近年来，在院领导及全院教职工的共同努力下，学院教学、科研工作发展迅速。目前有教育部来华留学英语授课品牌课程1门《人体解剖学》、省级精品课程5门（《医学微生物与免疫学》、《组织学与胚胎学》、《病理 生理学》、《Systemic Anatomy》、《医学机能学》）；有市级精品课程5门（《人体解剖学》（高职）、《生物化学》、《病原生物学（专科）》、《人体断层解剖学》、《系统 解剖学》）；有校级精品课程4门（《生理学》、《寄生虫学》、《核医学》、《法医病理学》）；目前基础医学院主干课程均已成为校级以上精品课程。学院现有 浙江省重点建设教材5部，主编人卫规划教材1部（成人教育），高教规划教材3部。
目前，基础医学为浙江省级重点学科，生理学为浙江省高校重点学科（A类）、病原生物学为温州市重点学科。学院现有在研国家级课题17项（其中国家自然科学基金16项，973子项目1项）、省自然科学基金等省部级科研项目54项，每年新增科研纵向经费约350余万。
经过50年的发展，基础医学院拥有了先进的教学设施、雄厚的科研和师资力量，已成为浙江省法医学人才培养的主要基地和基础医学教学、科研的重要基地。
